Die Rassestandards auf der Grundlage des Bundesverbandes MFD BD e.V. basieren auf phänotypisch gewünschten und unerwünschten Merkmalen. Viele ausgestellte Rassen in Deutschland sind auf holländische Linien zurückzuführen, die wiederum in einem Schweizer Verein erarbeitet wurden. Dazu kamen die Standards der amerikanischen und englischen Rassen. 

Als unerwünscht werden angegeben 1. Entweder „Fehler“ im Sinne nicht eingehaltener Rassestandards. 2. Eigenschaften, die mit den erwünschten und vordergründig selektierten (standardisierten) phänotypischen Merkmalen nichts zu tun haben (Blindheit, Taubheit usw.) oder 3. Mängel, die die Haltung und Pflege der Tiere betreffen. 

Inwieweit phänotypische Merkmale den Rassestandards entsprechen, wird – im Jargon der Heimtierzüchter*innen – durch sogenannte „Fehler“ festgelegt. Dabei werden Fehler passiv definiert, nämlich als vom Standard abweichende oder fehlende Merkmale. Fehler sollen nach den Vorstellungen des Bundesverbandes MFD BD e.V. einerseits die Abweichungen  vom  Idealzustand einer Rasse (also das Prädikat) beschreiben und andererseits durch durch Definition von Ausschlusskriterien einzelner (ausgestellter) Individuen eine „Übertypisierung“ von gewünschten Merkmalen ausschließen. Was eine Übertypisierung ist, wird nicht definiert. Ziel ist die Zucht „rein[er] und qualitativ hochwertiger[er]“ Linien. Was damit gemeint sein könnte, zeigt eine Auslegung in einem Ratgeber für die Zucht und Haltung von Meerschweinchen, die sich an den Vorstellungen des Bundesverbandes MFD BD e.V. orientiert. Demnach soll die Zucht von Tieren verhindert werden, die unter natürlichen Bedingungen entweder nicht lebensfähig sind oder körperliche Behinderungen aufweisen, die den Kriterien einer Qualzucht entsprechen. Auch wenn die Fehlerqualifikation für „Typ und Bau“, „Behaarung“, „Kopf und Augen“ und „Kondition“ jeweils in „leichte“ und „schwere Fehler“ eingeteilt werden, so geben sie keine Auskunft darüber, ob und ggf. warum es sich bei diesen Fehlern auch um zuchtbedingte Defekte (Qualzuchtmerkmale) handelt oder handeln könnte. Eine solche Differenzierung wird auch dadurch erschwert, dass ästhetische (erwünschte) Rassemerkmale bei der Fehlerqualifikation mit dem Exterieur (Pflege, Kondition und Genetik) der Tiere vermischt werden. Denn erstens sind nicht alle Abweichungen vom Rassestandard „erbliche Fehler“ insofern, als dass sie selbst Defekte oder Krankheiten darstellen oder zu Krankheiten führen können und zweitens sind nicht alle Fehler „Qualzuchten“ im Sinne des §11b des Tierschutzgesetzes. Auch der Verweis des MFD BD e.V. auf erbliche Fehler, zu denen Zwergwuchs, Missbildungen, Fußanomalien oder Zahnfehlstellungen gehören, hilft hier nicht weiter. Denn diese Krankheiten werden nicht in einen Ursache- und Wirkungskontext gestellt. Festgelegt wird dabei nicht, 1. welche Kriterien zur Beurteilung einer Rassedisposition herangezogen werden müssen, 2. welche (angeborenen) Anomalien eine Rassedisposition (in Bezug auf mgl. Rassestandards) darstellen und 3. inwiefern rassedisponierte Anomalien zugleich auch Qualzuchtmerkmale gemäß §11b TierSchG darstellen könnten. Zu den schweren Fehlern nach europäischem Standard gehören anatomische Deformationen und Anomalien, überzählige oder fehlende Zehen oder teilweise oder vollständig fehlende Hoden. 

Auf europäischer Ebene sind derzeit 65 Rassen registriert.  Die Rassestandards auf nationaler Ebene und damit die des Bundesverbandes MFD BD e.V. weichen vom EU Standard ab. Dort sind lediglich 14 Rassen registriert. Das Nacktmeerschweinchen „Skinny“ wird bspw. nicht anerkannt. Seit Mai 2024 wurde es hingegen auf europäischer Ebene vom  Europäischen Dachverband der Geflügel-, Tauben-, Vogel-, Kaninchen- und Caviazüchter (EE) zum Standard hinzugefügt. Die Zahl der Rassen ändert sich ständig und hängt vor allen Dingen von den aktuellen Schönheitsvorstellungen der Hobbyhalterinnen ab.Die z.B. vom MFD BD e.V. zugelassenen Meerschweinchenrassen, lassen sich in Langhaar- und Kurzhaarrassen aufteilen und sind in der nachfolgenden Tabelle aufgelistet.

Die Erstellung der Merkblätter unterliegt einem Qualitätsmanagementsystem, das den Qualitätsstandard sichert. Von den Veterinärämtern wird zunächst eine möglichst knappe Information über Defektmerkmale und/oder betroffene Rassen gewünscht. Dieser Wunsch wird mit der Veröffentlichung der Merkblätter in der vorliegenden Form berücksichtigt. Langversionen der Merkblätter mit Quellenangaben zum wissenschaftlichen Hintergrund werden unter fallbezogener Beteiligung durch externe Experten geprüft und durch eine juristische Arbeitsgruppe mit einem Rechtsgutachten ergänzt. Die ausführlichen Gutachten werden QUEN-intern hinterlegt und auf Anfrage im Falle von rechtlichen Auseinandersetzungen ausschließlich an die betroffenen Veterinärbehörden versendet. Mit der oben beschriebenen Regelung wird sowohl den Ansprüchen aus der Praxis der Vollzugsbehörden als auch dem Wunsch nach ausführlicher rechtlicher Begründung Rechnung getragen.

Wir weisen darauf hin, dass es sich bei der Aufzählung von Krankheiten, Defekten und Funktionseinschränkungen um Erscheinungen handelt, die bei Tieren dieser Art und Rasse (unabhängig davon, in welchem Verein oder Verband oder ob privat gezüchtet) auftreten können bzw. vermehrt beobachtet wurden. Weiter beschreiben die Merkblätter mögliche oder notwendige Anordnungen für den Fall, dass entsprechende zuchtbedingte Veränderungen durch eine Tierärztin oder einen Tierarzt festgestellt wurden.

Die Merkblätter werden nach und nach um weitere Rassen oder Merkmale ergänzt.

Als Rassen mit problematischen Merkmalen werden u.a. angesehen :

Skinny-, Baldwins-, Satin-, Albino- Schimmel-; Dalmatiner- , Rex-Crested Rex-,Teddy-,Crested Teddy-, Lunkarya-, Alpaka-, Merino-, Mohair-, Texel-,Sheltie-, Angora-Meerschweinchen

In der Literatur finden sich u.a. folgende Hinweise auf zuchtbedingte Defektmerkmale bei Meerschweinchen:

Haarlosigkeit, Lethal White, Rassen mit gekräuselten Tasthaaren, extreme Langhaarigkeit, Träger der Osteodystrophie.